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生產酶制劑的微生物有絲狀真菌、酵母、細菌3大類群，主要是用好氣菌。幾種主要工業酶的菌種和使用情況如下：

淀粉酶類

淀粉酶水解淀粉生成糊狀麥芽低聚糖和麥芽糖。以芽孢桿菌屬的枯草芽孢桿菌和地衣形芽孢桿菌深層發酵生產為主，后者產生耐高溫酶。另外也用曲霉屬和根霉屬的菌株深層和半固體發酵生產，適用于食品加工。淀粉酶主要用于制糖、紡織品退漿、發酵原料處理和食品加工等。葡糖淀粉酶能將淀粉水解成葡萄糖，現在幾乎全由黑曲霉深層發酵生產，用于制糖、酒精生產、發酵原料處理等。

蛋白酶

使用菌種和生產品種最多。用地衣形芽孢桿菌、短小芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌以深層發酵生產細菌蛋白酶；用鏈霉菌、曲霉深層發酵生產中性蛋白酶和曲霉酸性蛋白酶，用于皮革脫毛、毛皮軟化、制藥、食品工業；用毛霉屬的一些菌進行半固體發酵生產凝乳酶，在制造干酪中取代原來從牛犢胃提取的凝乳酶。

葡糖異構酶

70年代迅速發展起來的一個品種。先用深層發酵取得鏈霉菌細胞，待固定化后，將葡萄糖液轉化成約含果糖50%的糖漿，這種糖漿可代替蔗糖用于食品工業。用淀粉酶、葡糖淀粉酶和葡糖異構酶等將玉米淀粉制成果糖漿已成為新興的制糖工業之一。