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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量最豐富。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點，因此在食品、醫藥、飼料、日化、皮革及紡織等行業得到廣泛應用。

木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液為無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。木瓜蛋白酶是一種含巰基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，但幾乎不能分解蛋白肽。

《GB 2760-2011 食品安全國家標準 食品添加劑使用標準》規定，木瓜蛋白酶可用作食品工業在的加工助劑（酶制劑）。一般應在制成最后成品之前除去（規定有殘留量者除外）。

木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白質，避免冷藏后引起的渾濁）、肉類軟化（水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類軟化）、谷類預煮的準備、水解蛋白質和肉類香料的生產。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應用遠比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg促使餅干中面筋的分解，以使成品松軟。肉類軟化有多種蛋白酶可用，比較如下表所列。