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目前溶菌酶可以以雞蛋清和蛋殼膜為材料提取制得，常用的方法有親和層析法、離子交換樹脂法、直接結晶法和聚丙烯酸沉淀法等。

親和層析法

親和層析法是利用蛋白質和酶的生物學特異性，即蛋白質或酶與其配體之間所具有的專一性親和力而設計的色譜技術。酶一底物復合物形成之后，在一定的條件下分離復合物便得到純凈的酶。常常使用的吸附劑為幾丁質及其衍生物，如：幾丁質粉、羧甲基幾丁質、幾丁質包埋纖維素、脫氨幾丁質粉、N-?；瘹ぞ厶?、脫氨再生幾丁質凝膠。

食鹽直接結晶法

在蛋清中加入一定量的碘化物或碳酸鹽等鹽類，并調pH值至9.5—10.0，溶菌酶會以結晶形式慢慢析出，而大多數蛋白質仍然在溶液。在超濾濃縮脫鹽后，為獲得較純產品，采用結晶純化酶液經超濾處理后，用NaOH調整pH 9.5，離心去除。上清液在緩緩攪拌下，加NaCl至5%，靜置一周，得粗結晶。結晶溶于pH 4.6醋酸水中，分去不溶物后，進行重結晶，結晶的最終得率為60%左右。即每公斤蛋清中可得重結晶品近1.3 g，活力測定為8000U/mg。