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蛋白酶是水解蛋白質肽鍵一類酶的總稱，故又稱肽酶。它是酶學研究中較早也是最深入的一種酶。到21世紀初，已經報導的微生物蛋白酶超過900種，生物體的生理活動和的發生，如食物的消化吸收、、溶血作用、、血壓調節、細胞分化自溶、機體衰老、轉移以及生理活性肽的活化等，都與蛋白酶有關。蛋白酶廣泛存在于動物內臟、植物莖葉、果實和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、細菌，其次由酵母、放線菌生產。蛋白酶的種類繁多，按其來源可分為動物蛋白酶，由動物胰臟提取，如胃蛋白酶、胰蛋白酶、α-糜蛋白酶等;植物蛋白酶，從植物果實、汁液、根、莖和種子提取，如木瓜蛋白酶、菠蘿蛋白酶、無花果蛋白酶等;微生物蛋白酶，幾乎所有的微生物類群都能產生蛋白酶，甚至同一類微生物可以產生不同類型的蛋白酶。微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。