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酸性蛋白酶是指蛋白酶具有較低的最適pH，而不是指酸性基團存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最適PH從2左右(胃蛋白酶)到4左右。從酶的活力-PH曲線分析，在酶的活性部位中含有一個或更多的羧基。這一類蛋白酶中研究最的是胃蛋白酶。

酸性蛋白酶是由隆科特黑曲霉優良菌種經發酵精制提煉而成，它能在低PH條件下，有效水解蛋白質，廣泛應用于酒精、白酒、啤酒、釀造、食品加工、飼料添加、皮革加工等行業。

蛋白酶對其水解的肽鍵鄰近的基團有一定的專一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分別要求其作用的肽鍵鄰近有游離的羧基和氨基；胰凝乳蛋白酶要求其水解肽鍵的羧基端為芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶則要求為堿性氨基酸(賴氨酸或精氨酸等)。