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蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。食品工業(醬油釀造、制乳酪、制面包、點心、通心粉、肉類加工、釀酒、制蛋白水解物、脫腥、氨基酸調料、凝乳、嫩肉粉等);日用化學工業(洗滌劑添加劑、牙膏、化妝品等)；皮革工業(脫毛、軟皮)；制明膠；制膠原纖維；制藥；處理廢感光膠片；飼料工業、石油工業(脫蠟)等。

蛋白酶對其水解的肽鍵鄰近的基團有一定的專一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分別要求其作用的肽鍵鄰近有游離的羧基和氨基；胰凝乳蛋白酶要求其水解肽鍵的羧基端為芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶則要求為堿性氨基酸(賴氨酸或精氨酸等)。

性狀：褐色或灰色粉末，由黑曲霉經發酵提煉而成而成，易溶于水。

用途：生化研究。水解蛋白，具有較強的水解能力能力，能將大分子的蛋白質水解成氨基酸等產物。