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通常酸性蛋白酶的抑制劑主要是重氮酮化合物和十二烷基硫酸鈉。霉菌來源的酸性蛋白酶通常并不受胃蛋白酶抑制劑-對溴苯的抑制，但卻對N-溴代琥珀酰亞胺和高錳酸鉀敏感。此外，并非每種酸性蛋白酶都會被胃蛋白酶抑制劑或鏈霉素胃蛋白酶抑制劑（S-PI）抑制，如黑曲霉所產酸性蛋白酶A1、A2所產酸性蛋白酶4對其均不敏感。某些青霉屬的微生物和根霉屬的中華根霉所產酸性蛋白酶見光會被2,3-丁二酮作用而失活，這可能與酶的活性部位含酪氨酸以及色氨酸有關。另外，沙門拍干酪青霉產的門冬氨酸蛋白酶可被1,2-環氧3-（對硝基苯）丙烷（EPNP）、重氮乙酰DL-亮氨酸甲脂（DAN）及胃蛋白酶抑制劑所抑制，這與門冬氨酸蛋白酶中的羧基在其催化反應中起關鍵作用有關。黑曲霉所產的B型蛋白酶，受二硫代雙2-硝基苯甲酸（DTPB）、EPNP及DAN的抑制，而A型酶完全不被EPNP抑制，只被DAN及重氮試劑部分抑制，需要指出的是，上述試劑對A\B兩種酶的都需要有鈣離子的參加。對啤酒酵母所產的胞外酸性蛋白酶的研究表明，其可被甲苯磺酰氟和對氟汞苯甲酸部分抑制。另外，從日本清酒酒曲中分離出的酸性蛋白酶，其性質類似于“胃蛋白酶”型酸性蛋白酶，可被EPNP和胃蛋白酶抑制劑所抑制，但對對-溴苯和聯乙酰試劑不敏感。