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中性蛋白酶是最早用于工業生產的蛋白酶。大多數微生物中性蛋白酶是金屬酶，酶蛋白中含有Zn2。，相對分子質量35000～40000．等電點(pI)8～9，是微生物蛋白酶中最不穩定的酶，很易自溶，即使在低溫冰凍干燥，也會造成相對分子質量的明顯減少。代表性的中性蛋白酶是耐熱解蛋白芽孢桿菌所產生的熱解素與枯草芽孢桿菌(B．subtilis)的中性蛋白酶。這些酶在pH6～7穩定，超出此范嗣迅速失活。以酪蛋白為底物時，枯草芽孢桿菌蛋白酶最適pH為7～8，熱解素是pH7～9，曲霉菌的酶是pH6．5～7．5。

水解蛋白質肽鍵的一類酶的總稱。按其水解多肽的方式，可以將其分為內肽酶和外肽酶兩類。內肽酶將蛋白質分子內部切斷，形成分子量較小的月示和胨。外肽酶從蛋白質分子的游離氨基或羧基的末端逐個將肽鍵水解，而游離出氨基酸，前者為氨基肽酶后者為羧基肽酶。按其活性中心和最適pH值，又可將蛋白酶分為絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、金屬蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶。按其反應的最適pH值，分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶和堿性蛋白酶。工業生產上應用的蛋白酶，主要是內肽酶。