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我國《食品添加劑使用衛生標準》（GB 2760-2014）規定：使用量按正常生產需要而定。檸檬酸鈉用于清涼飲料可緩和酸味，改進口味。在釀造中加入本品，可促進糖化作用，用量約為0.3%。在冰糕和冰淇淋制造中，檸檬酸鈉可用作乳化劑和穩定劑，用量為0.2%~0.3%。本品還可用作乳制品的防止酸敗劑，加工干酪和魚肉制品等的增黏劑，以及食品的甜味矯正劑等。

有學者探究了檸檬酸鈉對小鼠生理及菌群的影響，結果表明，膳食中檸檬酸鈉的添加能降低試驗小鼠的體重，而高劑量的檸檬酸鈉可提高小鼠血清中膽固醇的含量。通過對小鼠糞便樣品的菌群分析，發現檸檬酸鈉的添加會影響其beta多樣性。在門水平上，與空白組相比，攝食檸檬酸鈉不會影響微生物所屬門的種類，但會使厚壁菌門和擬桿菌門的比例發生變化，但是由于小鼠自身的個體差異很大，并且大部分的檸檬酸鈉可能在小腸部位被吸收，因此，結果未呈現一定規律性。而在屬水平上，除了共有的菌屬外，在當前的測序深度下檸檬酸鈉高劑量組還檢測到了Corynebacterium（棒狀桿菌屬）和Staphylococcus（葡萄球菌屬），說明攝食高劑量的檸檬酸鈉會對小鼠的微生物造成一定影響，并可能通過菌群代謝產物短鏈脂肪酸的改變影響小鼠的血清生化指標。