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根

芹菜的根系為淺根系，一般分布在7～36厘米的土層內，但多數根群分布在7～10厘米的表土層。由于根系分布淺，芹菜不耐旱。直播的芹菜主根系較發達，經移植的由于主根被切斷而促進側根發達，因而芹菜適宜育苗移栽或無土栽培。

莖

莖在營養生長期為短縮狀，生殖生長期伸長成花薹，并可產生一二級側枝。莖的橫切面呈近圓形、半圓形或扇形。

葉

葉著生在短縮莖的基部，邊緣鋸齒狀。葉柄較發達，為主要食用部分。葉柄橫截面直徑1～4厘米不等。葉柄中各個維管束的外層為厚壁組織，并突起形成縱棱，故使葉柄能直立生長。厚壁組織的發達程度與品種和栽培條件有密切關系，在高溫、干旱和氮肥不足的情況下，厚壁組織和維管束發達。若厚壁組織過于發達，則纖維多、品質差。

花

芹菜為二年生蔬菜，第二年開花。花為復傘形花序，花小、白色，花冠5個，離瓣。芹菜花屬蟲媒花，通常為異花授粉，但自交也能結實。

果實

果實為雙懸果，圓球形，果實中含揮發性芳香油脂，有香味。成熟時沿中線裂為兩半，但并不完全開裂。種子呈褐色，內含一粒種子，種子粒小，橢圓形，表面有縱紋，透水性能差。種子有休眠期，發芽慢，收獲時不易發芽，高溫下發芽更慢，在有光的條件下比黑暗條件容易發芽。種子千粒重0.4克左右。生產上播種用的種子實際上是植物學上的果實。