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納他霉素被用于，包括假絲酵母、曲霉菌、鐮刀霉等，也被用作眼藥水或者口腔藥劑中，在這些應用中，人體對納他霉素的吸收較少。口服時，基本沒有從胃被吸收，因此使它不適用為系統傳染的藥物。納他霉素在眼藥水中也有應用，其5%的納他霉素含量適用于微生物引起的真菌性瞼炎、和，包括腐皮鐮刀菌。

在年糕和饅頭中的使用，可防止霉變，有效地延長貨架期。在食醋等調味品中，使用的納他霉素，可防止霉菌和酵母菌引起的變質。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的納他霉素可使保質期大大延長。此外,在酸奶中添加5～10ppm的納他霉素，可以使產品的貨架期延長4周以上。